يبدو الأمر كما لو كان بالأمس فقط حيث Meat Boy وBandage Girl يهربان من مختبر متفجر موجود في السماء. والآن هو العام الحالي، وقد استقبلوا ابنتهم Nugget في العالم. وآلت أيامهم التي يستمتعون فيها بالحياة كأسرة إلى نهاية مفاجئة عندما يتغلب Dr. Fetus عليهم من خلال مجرفة صدئة ويختطف الطفلة Nugget! والآن ليس أمام Meat Boy وBandage Girl سوى إنقاذ ابنتهما من جنين مجنون موجود في جرَّة لا يمكن وصفها إلا بأنها نُسخة أخرى من Nikola Tesla.