Parece que fue ayer cuando Meat Boy y Bandage Girl escapaban del laboratorio que estallaba por los aires. Ahora estamos en el año actual y dan la bienvenida al mundo a su hija Nugget. Sus días disfrutando de la familia se ven interrumpidos cuando el Dr. Fetus les da una golpiza con una pala y secuestra a Nugget. Meat Boy y Bandage Girl tienen que rescatar a su hija de un feto lunático que vive en un bote y que solo puede describirse como una versión involuntariamente célibe de Nikola Tesla.