Empires of the Undergrowth est un jeu de gestion d'une colonie de fourmis en temps réel. Vous creuserez votre nid sous terre en aménageant des galeries et des endroits pour stocker la nourriture et élever votre couvain. À mesure que votre colonie se développe, vous enverrez vos fourmis intrépides explorer le monde du dessus rempli de pièges, en quête de ressources. Au cours de leur aventure, les soldats devront surclasser les colonies rivales et renverser d'autres redoutables (mais délicieux) invertébrés, tels que les très rapides coléoptères prédateurs, les courtilières amatrices de galeries souterraines, les mantes sournoises ou encore les énormes amblypyges pour n'en citer que quelques-uns.

Le jeu s'inspire de la nature autant que possible : les fourmis et les autres créatures sont basées sur leurs homologues du monde réel (à l'exception d'un cas unique de test génétique qui contribue au gameplay). Les événements qui se produisent dans le jeu reflètent les épreuves quotidiennes auxquelles sont confrontées ces minuscules créatures et ne manqueront pas de vous faire apprécier plus encore la vie qui grouille sous vos pieds. Les missions du mode histoire principal sont narrées à la façon d'un documentariste qui étudie les fourmis et qui offre un aperçu perspicace des activités de la colonie et du monde souterrain.