Empires of the Undergrowth è un gioco gestionale in tempo reale di una colonia di formiche. Scaverai il tuo nido sottoterra, costruendo tunnel e camere per immagazzinare cibo e allevare la nidiata. Man mano che la colonia si espande, invierai le tue intrepide formiche lungo i percorsi per esplorare il mondo infido in superficie e raccogliere risorse. Lungo la strada i tuoi soldati dovranno prevalere su colonie rivali e sopraffare altri invertebrati temibili (ma succulenti) tra cui i veloci coleotteri tigre cacciatori, i grilli talpa scavatori, le mantidi nascoste ed enormi ragni frusta, tanto per citarne alcuni.

Il gioco cerca di rimanere il più vicino possibile alla natura, in cui le formiche e tutte le altre creature sono fedeli al mondo reale (con l'eccezione di un singolo esperimento genetico introdotto ai fini del gioco). Gli eventi che si verificano nel gioco riflettono le vere lotte quotidiane di questi minuscoli insetti e dovrebbero farti apprezzare ancora di più il mondo che brulica sotto il suolo. Le missioni della modalità storia principale sono narrate dalla prospettiva di un regista di documentari che studia le formiche e descrive con precisione gli avvenimenti della colonia e del sottobosco.