Sembra ieri che Meat Boy e Bandage Girl stavano fuggendo da un laboratorio spaziale sull'orlo di una terribile esplosione... Ai giorni nostri, i due hanno dato alla luce una splendida bambina, Nugget. Ma i bei momenti passati insieme da questa famigliola felice sono giunti ben presto al termine, non appena il Dr. Fetus li ha stesi con un sonoro colpo di pala e si è portato via la pargoletta! Meat Boy e Bandage Girl devono ora salvare la loro figlia da un feto pazzo rinchiuso in un contenitore di vetro (in pratica, una versione... precoce di Nikola Tesla).