2013年、黙示録さながらの出来事によって世界は崩壊した。人類は絶滅の危機に追いやられ、地上は汚染された荒れ地で覆われている。わずかに生き残った人々はモスクワの地下深くに難を逃れ、人類の文明は新たな暗黒時代に入った。

2033年、地下では新しい世代が生まれ、育っていたが、地下鉄の駅を中心とする閉塞した都市では、人間同士あるいは地上でうごめくミュータントとの生き残りを懸けた戦いが繰り広げられている。

君が操作するアルチョムは、大戦が始まる直前に生まれたが、育ったのは地下である。地上に出ようなどとは考えたこともなかったのだが、ある運命的な出来事によって地下鉄システムの中心部に向かわざるを得なくなる。残された人々に恐ろしい脅威が迫りつつあることを知らせるために決死の任務が課せられたのだ。

君の旅は、地下鉄の下に広がる忘れられた地下墓地から荒涼たる地上へと続いていく。君の行動が人類の行方を決定するのだ。

だが、脅威が外ではなく、内部にあったとしたら？