プレイヤーは、殺された父の復讐を誓う18歳の日本人武術家、芭月涼としてプレイすることとなります。

伝説的な『シェンムー』シリーズの3作目となるこの作品で涼は、父を殺した者が追い求める鳳凰鏡の謎を解き明かそうとする。涼が訪れる中国奥地の村では、人々が生き生きとした暮らしを営み、美しい風景が広がっている。

涼はにぎやかな街や山に囲まれた村で、さらなる修行を行ったり、ギャンブルに手を染めたり、アーケードゲームを楽しんだり、ときにはパートタイムの仕事をしたりしながら、鳳凰鏡の秘密を知る人物のことを調べていく。