つい昨日のことのような、ミートボーイとバンテージガールが繰り広げた爆発する空中研究所からの脱出劇。そんなふたりも、今ではナゲットというかわいい女の子を授かり、平穏な日々を暮らしていた。しかし、それは突如として終わりを迎える。フィータス博士がさびたシャベルでふたりをたたきのめし、ナゲットをさらってしまったのだ！ ミートボーイとバンテージガールは愛するわが子を救うため、「根暗でモテない二コラ・テスラ」としか形容しようがない瓶詰めのイカれた博士に立ち向かう。