Tuż pod powierzchnią martwego Nowosybirska pułkownik Chlebnikow zmierza na Sylwestra do kryjówki, w której przebywa jego syn Cyryl.

Ludziom nie wiedzie się tu jednak zbyt dobrze: śluz wdziera się coraz dalej do tuneli, mutanci znów atakują, a drogocenny „zielony towar” chroniący ludzi przed skażeniem promieniowaniem jest już na wyczerpaniu. W imię przetrwania ludzi ci, którzy dowodzą, są zmuszeni do podjęcia drastycznych kroków...

W nowym liniowym wątku fabularnym gracze prześledzą losy Chlebnikowa podczas ostatnich dni jego życia w Nowosybirsku, odtwarzane przez pułkownika Młynarza rok później. Czeka ich klasyczna rozgrywka fabularna znana z serii Metro z zupełnie nową bronią – śmiercionośnym miotaczem ognia, klaustrofobicznymi miejscami i aż nazbyt dobrze znanym uczuciem budzącej dreszcz grozy.