Tuż pod powierzchnią martwego Nowosybirska pułkownik Chlebnikow zmierza na Sylwestra do kryjówki, w której przebywa jego syn Cyryl.

Ludziom nie wiedzie się tu jednak zbyt dobrze: śluz wdziera się coraz dalej do tuneli, mutanci znów atakują, a drogocenny „zielony towar” chroniący ludzi przed skażeniem promieniowaniem jest już na wyczerpaniu. W imię przetrwania ludzi ci, którzy dowodzą, są zmuszeni do podjęcia drastycznych kroków...

W nowym liniowym wątku fabularnym gracze mogą prześledzić losy Chlebnikowa z ostatnich dni życia w Nowosybirsku, które rok później stara się odtworzyć pułkownik Młynarz. Można oczekiwać klasycznej rozgrywki fabularnej znanej z serii Metro, z zupełnie nową bronią, śmiercionośnym miotaczem ognia, klaustrofobicznymi miejscami i aż nazbyt dobrze znanym uczuciem budzącej dreszcz grozy.