Empires of the Undergrowth é um jogo de gestão de colônia de formigas em tempo real. Você escavará seu ninho no subterrâneo, construindo túneis e câmaras para armazenar comida e criar a ninhada. Conforme a colônia se expande, você enviará formigas corajosas para explorar a superfície traiçoeira e coletar recursos. Ao longo do caminho, seus soldados precisarão superar as colônias rivais e acabar com outros invertebrados assustadores (porém suculentos), inclusive os velozes caçadores besouros-tigre, os escavadores grilos-toupeira, os discretos louva-a-deus e as enormes aranhas-chicote, entre outros.

O jogo tenta aproximar-se ao máximo da natureza, com todas as formigas e outras criaturas baseadas nas espécies equivalentes do mundo real (com exceção de um experimento genético atípico para fins de jogabilidade). Os eventos que ocorrem no jogo refletem as dificuldades diárias reais desses pequenos insetos e, portanto, devem despertar em você um pouco mais de apreciação pelos mundos que existem sob seus pés. As missões do modo de história principal são narradas pela perspectiva de um documentarista que estuda as formigas, oferecendo percepções inteligentes sobre as atividades da colônia e da vegetação rasteira.